Das Gotteshaus wurde in der Zeit der Spätgotik (um 1415) völlig neu erbaut. Hauptförderer des Kirchenbaues waren die Laiminger. Es ist davon auszugehen, dass dieser Kirchenbau im Lauf des späten 15. und des beginnenden 16. Jahrhunderts noch beträchtlich erweitert wurde.
Im Sommer 1725 wurde das Gotteshaus durch Sturm und Gewitter soweit beschädigt, dass ein Neubau unvermeidlich erschien. Die Leitung des Baues wurde dem Frauenchiemseer Hofrichter Widl und dem damaligen Pfarrer Haagn übertragen. Dem Herrn von Fossa (auf Schloß Forchteneck) wurde unter Strafandrohung auferlegt, 2000 Gulden aus dem Zechschrein des Gotteshauses für den Bau zur Verfügung zu stellen, wogegen dieser “öffters häßlich protestieret hat”.
Mit der Bauausführung wurden Thomas Mayr, Maurermeister von Grafing und Matthias Cronast, Gerichtszimmermeister von Kling, beauftragt.
Der Kirchenbau wurde im Mai 1727 begonnen. Man hat zuerst das neue Langhaus errichtet. Dabei wurden die alten Seitenmauern bis in einer Höhe von 3,50 m erhalten. Anstelle eines kostspieligen Ziegelgewölbes wurde ein Lattengewölbe erstellt. Noch im gleichen Jahr konnte der neue Dachstuhl aufgesetzt werden. 1730 ist der Bau dann zum endgültigen Abschluss gekommen.
1732 wurde ein ursprünglich für die Traunsteiner Stadtpfarrkirche vom Traunsteiner Tischler Johann Wolfgang Dersch gebauter Hochaltar, der dort jedoch wegen Geldmangels noch nicht gefasst war, angekauft. Die Altarfiguren schnitzte der Traunsteiner Bildhauer Georg Andreas Dietrich.
1773 hat schließlich, wie eine Inschrift auf ihrer Rückseite besagte, “die Halfingerische gemeyn samtt anderen guetthätern” die beiden neuen Seitenaltäre machen und fassen lassen. Um diese Zeit entstand auch die prächtige Kanzel des Gotteshauses.
Halfing war durch mehrere Jahrhunderte die bedeutendste marianische Gnadenstätte im westlichen Chiemgau zwischen Inn, Chiemsee und Alz. Die Wallfahrt zu “Unseren lieben Frau am Moos”, wie das um 1430 entstandene Gnadenbild (und auch die Kirche selbst) genannt wurde, muß im Lauf des 15. Jahrhunderts aufgekommen sein. Weiteren Aufschwung nahm die Wallfahrt durch die Einführung einer Skapulierbruderschaft 1648 bzw. 1660.
Die Halfinger Kirche präsentiert sich als eine sehr große Spätbarockkirche mit einem mächtigen spätgotischen Turm. Die Kirche ist 39 m lang und gehört zu den größten Gotteshäusern im Chiemgau. Sie wurde zum Vorbild für die 1735 ff erbaute Pfarrkirche Prien.
Das Patrozinium der Kirche wird am Fest Mariä Himmelfahrt begangen. Es scheint sich dabei um eine Einführung neuerer Zeit zu handeln, denn 1708 wird ausdrücklich Mariä Geburt als Patrozinium angegeben.